植物の名前に｢オトコ｣とつく場合、その由来として、近縁種よりも大型というものや、毛が多いことを男性のひげにたとえたものなどがある。
ところが、オトコヨモギはヨモギにくらべると小さめで、ヨモギとちがって茎や葉に毛がないのが特徴である。
これは、果実が小さいことから、果実がないとして子供を産まない男性にたとえたものとのことである。
葉には光沢があり、縁に細かい切れこみがあるものが多いのもオトコヨモギの特徴。