夏、花穂が枝分かれしているようなおもしろい姿のうす紫色の花が穂状にたくさん咲く。 葉が4〜8枚くらい輪生し、それが9段くらいの層になるところから「九階草」になり、その後、「階」が「蓋」になって「九蓋草」になった。 紫の花でよく似たものにヤマトラノオやルリトラノオがある、クガイソウは葉が輪生している(一箇所から 3 〜 8 枚出る)ので見分けられる。また,姿が似ていて花が白いオカトラノオ(丘虎の尾)も同じような場所でみつかる。